Удивительно, но некоторые молекулярные биологи видели трехмерные структуры белков, с которыми они работают, только на картинках в статьях. А ведь это так приятно - раскрасить белок в разные цвета, покрутить его со всех сторон, почти что подержать в руках... И полезно для анализа и планирования экспериментов.
Пространственные структуры белков с атомным разрешением (бывают и другие, но о них как-нибудь потом) хранятся в базе PDB в формате с одноименным названием. Для их просмотра существует множество программ, в том числе и бесплатных.
Когда-то самой популярной программой для просмотра PDB была RasMol. Она до сих пор актуальна, если у вас по каким-то причинам очень слабый компьютер.
Даже если на работе нет возможности ставить свои программы, можно запустить Swiss-Pdb Viewer. Эта программа имеет много возможностей и удобный интерфейс, хотя, к сожалению, иногда подглючивает. Интерфейс удобный, но не вполне интуитивно понятный. Например, немногие догадываются сами, как в ней изменить цвет поверхности. Вторичная структура по умолчанию отображается в виде марлевого бинта, и изменение ее внешнего вида тоже неочевидно. Так что придется потратить некоторое время на ее изучение, и лучше при этом делать какие-то пометки для себя.
Если нужно еще больше возможностей или хочется делать очень красивые картинки, то придется устанавливать PyMOL. Документацию придется искать в интернете. Очень многие действия выполняются только с командной строки.
Если необходимо работать со структурами низкого разрешения, или большими белковыми комплексами, то не обойтись безChimera. Кому-то эта программа понравится и для подготовки иллюстраций.
Тем, кто собирается заниматься молекулярной динамикой, нужно ставить VMD. Это фактически интерфейс к NAMD, но подходит и для просмотра результатов других программ МД.
Если у лаборатории есть склонность тратить деньги на программное обеспечение, можно посмотреть и на коммерческие продукты, тем более что обычно в линейке программ для молекулярного моделирования есть бесплатные просмотрщики pdb. Посмотрите, что предлагают Yasara, Accelrys, другие фирмы.
Перед тем как использовать какую-то программу, хорошо бы посмотреть, сколько на нее ссылок в PubMed. Дело не в том, что малоизвестный pdb-просмотрщик будет плохим или неправильным. Просто не исключено, что его разработка будет прекращена после того, как автор сменит место работы.
Комментариев нет:
Отправить комментарий