![](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjcJVDjqBUQkXSR6R1-vPa6uqq0_dhg1MNKQxAdeBYATB27CsmOhfLkJARCSJ2vlOAVhfy4d2vFY4QBeUzU-7kWS246hJElUQYXHYr9Pwo_J4fYXBN1QK2Q4G_dtM0fLNiSdkif-ot_BUNy/s320/pic1_1.png)
Белковые структуры в pdb-veiwer'ах очень красивы. Их пестрота и разноцветие не только производят впечатление, но и, как ни странно, являются проблемой. Во многих журналах надо доплачивать за публикацию цветной иллюстрации, а иногда это вообще невозможно. При печати отчетов, постеров или чего-то для себя тоже не всегда есть возможность получить качественную цветную картинку, особенно на черном фоне. К счастью, если поставить себе программу PyMOL, то в ней можно делать отличные черно-белые иллюстрации.
Сама программа PyMOL поначалу может произвести неприятное впечатление. Внятной документации к ней (при использовании бесплатной версии) нет, почти все действия надо вводить с командной строки, могут быть проблемы при установке. Но это лучшая из бесплатных программ для подготовки качественных картинок, у нее много возможностей, и они стоят того, чтобы мириться с ее особенностями.
Итак, для начала надо скачать и поставить PyMOL. Затем открыть там файл с нужной структурой в формате PDB. С помощью мышки можно манипулировать структурой, поворачивать ее, двигать - все, как в других программах. Чтобы сделать симпатичную картинку, для начала надо ввести следующие команды:
bg_color white
hide all
show cartoon
set ray_shadow, 0
set ray_trace_mode,2
Мы сейчас сделали белый фон, убрали все лишнее, показали вторичную структуру, убрали тени и включили специальный режим рендеринга, который оставляет на картинке только контуры.
Теперь надо ввести команду для подготовки картинки с указанием желаемого размера в пикселях:
ray 800, 800
Надо будет немного подождать, и в результате появится нечто похожее на это:
![](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjX3P_Wl-c7bPCRpQYhHC2gKnPK79p7oAWgTO4VmZNQDCtEiVckd0lmo2OKSs2wMGP65iYPrbUhu0hXI8MOH3waTOrt5FXfziGZvoWNkoysq0JqH4k3K5PR1pG4ZFBDOVPApWYHIc9HoklU/s320/pic10.png)
Если то, что получилось, вам понравилось, то надо сохранить картинку:
png kartinka.png
То, что расположено на переднем плане, обводится более жирными линиями, чем "глубже" участок белка, тем более тонкой линией он обводится, и может даже совсем исчезнуть. В зависимости от того, что вам нужно, поэкспериментируйте с величиной параметра ray_trace_fog. Чтобы совсем отключить этот эффект, параметр надо приравнять к нулю:
set ray_trace_fog, 0
Обычно оптимальное изображение получается при значениях чуть меньше единицы.
Если разрешение картинки, заданное в параметрах ray, оказалось слишком маленьким, то линии сольются и будут некрасиво выглядеть, примерно вот так:
![](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEjopUls5pgu2zQOotMX2KJwG_fDzeUSpfNbuG3l9y17XBT-OwrztdwHT59Xloblc2S9vUoWNMmlIXTKJYei3CoMpdnJqgr1jG32SUooA-g5mH_SLgqiMc5Tt9DSS6opHNlMjsV7XSBVzWKX/s320/pic11.png)
Если это произошло, надо просто переделать с увеличенным разрешением, а размер картинки потом при необходимости уменьшить в графическом редакторе.
Еще один интересный режим, который стоит попробовать:
set ray_trace_mode,1
Он добавляет контуры, при этом оставляет цвета. Это особенно полезно, когда неясно, какой именно цвет фона выбрать для лучшей контрастности. Также такую картинку можно перевести в оттенки серого.
![](https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEirAffc16agnW48uymIHC1Vh0pgU71kE2RNyhK-StEn02SLAfjfYthtnsPKF_mJ0HX1ZttXtpNJn1DkBVTovUggP2J1qANQu0K_7M-TY63ihyphenhyphenAqLnVQOFGu831DJPJAfcD4zDjn3ds13R-H/s320/pic2_1.png)
Мне ужасно нравились молскриптовские картинки. Намного больше, чем многие цветные.
ОтветитьУдалитьа я после недели мучений - теперь всегда за Паймол. ну может разве что VMD хорош)
ОтветитьУдалить