суббота, 10 июля 2010 г.

Предсказание трансмембранных спиралей


Если вы занимаетесь эукариотическими мембранными белками, то они почти наверняка альфа-спиральные. И скорее всего они относятся к классу GPCR. Это, наверное, самый изучаемый класс мембранных белков, они довольно легко моделируются по гомологии. Но я про них потом расскажу. А сейчас напишу о том, что делать, если гомологи мембранного белка не находятся.

Очевидная вещь, которую можно сделать - предсказать трансмембранные спирали. Это можно сделать несколькими методами на сервере genesilico.pl/meta2 . Пишут, что самые лучше методы - это SPLIT4, TMHMM2 и HMMTOP2. И предсказывать надо не каким-то одним методом, а сразу несколькими, и потом сравнивать. Кстати, сравнивать с PSIPRED или каким-то другим предсказанием вторичной структуры большого смысла нет. Современные методы secondary structure prediction натренированы на глобулярных белках, в которых не так часто встречаются спирали в полностью гидрофобном окружении. Для мембранных белков они будут предсказывать какие-то спиральные районы, но достоверность этого не слишком велика.

Итак, если вдруг все эти сервера предскажут примерно одно и то же (точного совпадения не будет), то это очень хорошо. А если разное, то надо будет что-то придумывать. Например, взять тот вариант, который лучше всего согласуется с экспериментальными данными. Или считать предсказанной ту спираль, которую выбрали все программы или две из трех, а если всего одна - то не считать. Или кинуть кубик или погадать на какой-нибудь субстанции. Видимо, именно в процессе такого гадания и появляются в статьях загадочные фразы: "TMs were predicted by in silico analysis".

А потом предсказанную топологию белка можно нарисовать вот в этой программе. С ней надо будет немного поразбираться, зато в процессе этого можно получить гораздо больше полезного опыта, чем от от ручного выстраивания кружочков в ряд в фотошопе.

Комментариев нет:

Отправить комментарий