среда, 28 июля 2010 г.

Много работы, некогда писать


Меня захлестнул мутный вал работы, поэтому я опять недельку-другую не буду писать. Буду много работать и вспоминать свою любимую литературу по тайм-менеджменту.

В первую очередь, конечно, вот это: http://lib.ru/PROZA/GRANIN/strange.txt

Люди, которые пытаются начать как-то управлять своим временем, часто обнаруживают неприятную вещь: настоящая работа в день занимает не более 4-5 часов, хотя кажется, что занят постоянно. У одних это приводит к депрессивным настоениям, у других к попыткам работать больше и потом опять же к депрессивным настроениям. Для очень многих мониторинг как первая стадия тайм-менеджмента оказывается и последней.

Так вот, открою страшную тайну.

Четыре часа творческой работы в день - это нормально.

Более того, если работается значительно больше, то это нехороший симптом. Не исключено что вместо реальной работы вы заняты ее имитацией. Моя соседка по общежитию во начале сессии покупала общие тетради и проводила в них поля. Это было бесполезным занятием, но оно создавало иллюзию занятости и позволяло почти без мук совести отложить подготовку к экзаменам.

Помимо того что мы не работаем, а нам кажется, что работаем, есть еще обратная проблема. Она, пожалуй, даже более серьезна. Иногда можно случайно зацепиться за какую-то задачу, решение которой в общем-то и не нужно, и потратить свою норму продуктивной деятельности именно на нее. В общем, мониторинг своего времени - необходимая вещь, которая позволяет выявить обе проблемы. И не обязательно им заниматься всю жизнь, может хватить и пары недель, хотя лучше бы пару месяцев.

Также рекомендую вот это: http://www.lib.ru/PSIHO/SELYE/otkrytie.txt Это фактически пособие по организации творческой работы с автобиографическими вкраплениями.

Еще про тайм-менеджмент можно прочитать вот тут статейки:
http://www.improvement.ru/
Но это скорее ближе к книжкам из разряда "как стать умным и богатым и все успевать".

Читать далее

понедельник, 19 июля 2010 г.

Основы иммунологии

Р. Цинкернагель, "Основы иммунологии".
В отличие от большинства нынешних учебников, которые являются сборной солянкой под редакцией кого-нибудь, этот написан одним автором от начала и до конца, поэтому ни малейшего ощущения "письма из Простоквашино" не вызывает. Автор, между прочим, нобелевский лауреат. Книжка маленькая и с красивыми картинками. Перевод с немецкого.

Немного поцитирую:

"При изучении иммунных эффектов, как и любых биологических феноменов, необходимо иметь в виду, что в эксперименте могут быть получены всевозможные результаты."

"В большинстве случаев цитокины оказывают плейотропный эффект, т.е. различным образом или одинаково влияют на клетки одного или многих типов."

"по-видимому, отрицательной селекции B-клеток под влиянием аутоантигенов, как правило, не происходит"

"Очевидно, что, если организм, впервые столкнувшись с возбудителем, погибает от инфекции, какая-либо иммунологическая память ему более не нужна."

"По-видимому, антитела IgE выполняют важную биологическую функцию. Пока недостаточно исследован вопрос о протективном действии IgE при паразитарных инвазиях."

Читать далее

воскресенье, 18 июля 2010 г.

PyMOL и Python


Чем хороша программа PyMOL - она хорошо дружит с python. Можно написать что-то на питоне и вызывать из PyMOL, а можно наоборот. Сегодня я кратко расскажу про второй вариант.

Допустим, захотелось для какого-то фрагмента белка посчитать доступную площадь. Например, для остатков с 35 по 49 цепи A. Это в PyMOL легко:

select sel1, chain A and resi 35-49
get_area sel1


А теперь надо то же самое сделать для нескольких тысяч структур. Это бывает необходимо, например, для фильтрации результатов белок-белкового докинга.

Пишем простенькую программку, которая вызывает PyMOL, принимает в качестве аргумента файл со списком файлов для обработки, и выводит посчитанную площадь вместе с именем файла. Эта программка должна запускаться из командной строки, как и любой питоновский скрипт.

import sys
import pymol
from pymol import cmd

flist_file = open(sys.argv[1])

fname = flist_file.readline().strip()

pymol.finish_launching()

while fname:
    area = 0
    cmd.load(fname)
    cmd.select("sel1","chain A and resi 35-49")
    area = cmd.get_area("sel1")
    print fname, area
    cmd.reinitialize()
    fname = flist_file.readline().strip()

pymol.cmd.quit()

Тут надо обратить внимание на совершенно необходимую функцию pymol.finish_launching(). PyMOL начинает запускаться, когда выполнение скрипта доходит до import pymol, но надо подождать, когда он закончит запускаться. Что, собственно, эта функция и делает. А дальше все понятно: то что в PyMOL было команда параметр1, параметр2 в питоновском скрипте превращается в cmd.команда("параметр1","параметр2")

Это просто, попробуйте сами.

Читать далее

четверг, 15 июля 2010 г.

О вреде больших проектов


В какой-то книжке по управлению проектами была интересная история. Раньше европейцы запускали большие и многофункциональные научные спутники, которые делали сразу много всего. Но потом от них отказались в пользу маленьких, узкоспециализированных и дешевых. И главная причина была не в том, что это более выгодно с экономической точки зрения или помогало получать лучшие результаты. Просто люди, вовлеченные в космические программы, поняли опасность больших проектов.

Когда спутник, надо которым работали целый год, взрывается на старте или не выходит на связь - это большая неприятность для всего коллектива, который над ним работал. Но если то же самое происходит со спутником, на подготовку старта которого ушло 10 лет - это уже трагедия. Человек отдает 10 лет своей жизни, фактически четверть всего рабочего времени, и может не получить ничего. В результате желающих так рисковать карьерой больше не нашлось, и проекты стали менее крупными.

Не знаю, правдива эта история или нет - источник я сейчас уже не найду, да и не уверена, можно ли ему доверять. Но ее можно рассматривать как притчу. У нас в стране, как исторически сложилось, считается хорошим тоном прийти в лабораторию студентом и уйти на пенсию, занимаясь фактически одним и тем же - одним Большим Проектом. Многие ученые с негодованием относятся к нынешней грантовой системе, когда за три года надо получить какие-то конкретные результаты и отчитаться по ним. Три года - недостаточный срок для Большого Проекта.

Но проблема даже не в том, что такие проекты могут зайти в тупик: теория может оказаться неверной, технология - неэффективной. А в том, что после того как тупик достигнут, вовлеченные в Большой Проект этого иногда как будто не замечают. То есть, продолжая аналогию с космосом, спутник давно взорвался, но все делают вид, что получают от него какие-то данные, обрабатывают их, передают управляющие команды и рапортуют о результатах. Вполне обоснованная уверенность в том, что в этой области никто не разбирается лучше, плюс вполне понятное нежелание признавать бесперспективной работу всей сознательной жизни и переключаться на что-то другое - благодатная почва для того, чтобы потерять критичность к своим действиям. Если у ученого при этом развит полет фантазии, то он пополняет собой ряды так называемых "лжеученых". Если нет, то его лаборатория превращается в достаточно унылое место, где занимаются неинтересными и непубликабельными вещами, потому что таков Большой Проект.

Наблюдение за Большими Проектами, зашедшими в тупик, подрывает у молодежи веру в нормальный научный процесс и опять-таки катализирует появление "лжеученых". Не думаю, что это решающий фактор, но учитывать его явно необходимо. У западной системы организации науки, рассчитанной на быстрое получение результата и способствующей частой смене места работы, тоже есть масса недостатков. Но, как мне кажется, они не такие пагубные, как увлечение Большими Проектами.

На картинке в начале поста - успешный старт "Челленджера".
Он взорвался год спустя.

Читать далее

понедельник, 12 июля 2010 г.

Наука и ненаука

Когда-то мне в руки попалась книжка по одной очень интересующей меня теме, под авторством, допустим, Иванова. Она была в жесткой обложке, с множеством формул и вообще внушала доверие, но информация в ней не очень согласовывалась с тем, что я уже знала. И я на всякий случай решила показать ее знакомому специалисту в этой области.
"А, Иванов," - сказал он, листая книгу, - "помню, помню... Очень хороший был ученый, идеи у него были для того времени передовые. Конечно, некоторые его теории плохо встречались, критиковали их. Он на критику как-то очень жестко и болезненно реагировал, и, похоже, из-за этого у него начались проблемы с головой. И, как я вижу, книжку он написал уже после. Не читайте ее."

После этого мне стало любопытно - почему взрослые люди с высшим образованием вдруг начинают говорить и писать всякую чушь? А после того как я лично познакомилась с теми, кого принято называть "лжеученые", любопытство переросло в хобби по их изучению.

Я не буду тут приводить конкретные примеры и называть имена, я только дам ссылку вот на этот текст, который в целом хорошо описывает феномен. (Кстати, на том сайте вообще много интересного.) Основная проблема таких людей - полная потеря критичности к своим научным теориям.

Вначале я думала, что так называемые лжеученые - заблуждающиеся люди, которые чего-то не понимают, и им можно объяснить, в чем они не правы. Но, видимо, те, кто способен воспринимать объяснения, просто не доходят до этой фазы. Потом я предположила, что они - мошенники, подделывающие данные в корыстных целях. Но открылся парадоксальный на первый взгляд факт - если удавалось от такого человека добиться первичных, необработанных данных, то там никаких подделок не обнаруживалось. Их эксперименты и наблюдения совершенно не подтверждали их невероятные теории, и это было очевидно для всех, кроме них самих.

Нормальный научный процесс выглядит так: человек выдвигает гипотезу, ставит эксперименты, если гипотеза не подтверждается - жаль, но ее придется выбросить. Выдвинуть неверную гипотезу - вовсе не позор для ученого, а часть нормального научного процесса. У таких великих физиков, как Фейнман и Румер были разработаны собственные общие теории поля, которые оказались неверными. У Фейнмана об этом написано в его мемуарах. Румер любил вспоминать о своей теории и говорить "я создал такую красивую модель, а Бог взял и сделал все по-другому". Биолог Кольцов считал, что носителями наследственной информации являются белки, но его все равно помнят как выдающегося ученого. Ошибаться в науке - это нормально, ненормально не признавать своих ошибок.

У "лжеученых" (не нравится мне этот термин, но лучше не знаю) научный процесс условно можно назвать патологическим. Создается теория, которую принципиально невозможно опровергнуть никакими экспериментами. Либо первоначально выдвинутая гипотеза при каждом эксперименте, который ее опровергает, дополняется так, что вроде бы никакого опровержения и не было. Неопровергаемая теория называется нефальсифицируемой. Именно для того, чтобы таких теорий избегать, и преподается такой, казалось бы, скучный и гуманитарный предмет под названием "философия науки".

"Лжеученых" довольно много. Российская система организации науки не позволяет легко избавляться от людей, которые потеряли критичность к своей работе. Во вполне приличных институтах существуют целые лаборатории с патологическим научным процессом. Такие люди часто любят говорить, и делают это очень убедительно. Они упоминают множество научных публикаций и известных соавторов. Правда, потом оказывается, что все публикации - в третьесортных журналах, а те, кого они записывают к себе в сподвижники, на самом деле шарахаются от них.

Интересно, что такие "непризнанные гении" охотно тянутся друг к другу. Возможно, это объясняется тем, что лженаучные теории по своей природе легко дополняются новыми фактами и гипотезами, "слияние" двух таких теорий происходит безболезненно. То, что невозможно опровергнуть, ничему не противоречит. Практикующие нормальный научный процесс изо всех сил отталкивают от себя тех, у кого этот процесс стал патологическим, поэтому лжеученые объединяются в сообщества, проводят конференции и так далее. У стороннего наблюдателя это может вызвать иллюзию того, что Иванов на самом деле занимается наукой - вот же он и доктор наук, и статьи у него научные, и на конференциях выступает.

Распознать лжеученого для того, кто не специалист в данной области, не так-то просто. Значимым признаком является докторская степень, полученная в РАЕН. Также отсутствие публикаций в нормальных журналах. РАЕН и журналы - это отдельные серьезные темы, я про них потом напишу. Еще обычно у "лжеученых" имеется глобальная теория, которая охватывает очень много всего и сулит немедленные практические выгоды. Если это биологи, то скорее всего у них уже есть прибор, способный лечить все болезни. Если физики - то до бесконечного источника энергии осталось совсем чуть-чуть.

Есть немало людей, которые на "лжеученых" цинично паразитируют, и этим способствуют их существованию. Но это, опять же, отдельная тема. А мне пора возвращаться к нормальному научному процессу.

Читать далее

суббота, 10 июля 2010 г.

Предсказание трансмембранных спиралей


Если вы занимаетесь эукариотическими мембранными белками, то они почти наверняка альфа-спиральные. И скорее всего они относятся к классу GPCR. Это, наверное, самый изучаемый класс мембранных белков, они довольно легко моделируются по гомологии. Но я про них потом расскажу. А сейчас напишу о том, что делать, если гомологи мембранного белка не находятся.

Очевидная вещь, которую можно сделать - предсказать трансмембранные спирали. Это можно сделать несколькими методами на сервере genesilico.pl/meta2 . Пишут, что самые лучше методы - это SPLIT4, TMHMM2 и HMMTOP2. И предсказывать надо не каким-то одним методом, а сразу несколькими, и потом сравнивать. Кстати, сравнивать с PSIPRED или каким-то другим предсказанием вторичной структуры большого смысла нет. Современные методы secondary structure prediction натренированы на глобулярных белках, в которых не так часто встречаются спирали в полностью гидрофобном окружении. Для мембранных белков они будут предсказывать какие-то спиральные районы, но достоверность этого не слишком велика.

Итак, если вдруг все эти сервера предскажут примерно одно и то же (точного совпадения не будет), то это очень хорошо. А если разное, то надо будет что-то придумывать. Например, взять тот вариант, который лучше всего согласуется с экспериментальными данными. Или считать предсказанной ту спираль, которую выбрали все программы или две из трех, а если всего одна - то не считать. Или кинуть кубик или погадать на какой-нибудь субстанции. Видимо, именно в процессе такого гадания и появляются в статьях загадочные фразы: "TMs were predicted by in silico analysis".

А потом предсказанную топологию белка можно нарисовать вот в этой программе. С ней надо будет немного поразбираться, зато в процессе этого можно получить гораздо больше полезного опыта, чем от от ручного выстраивания кружочков в ряд в фотошопе.

Читать далее

четверг, 8 июля 2010 г.

нано-технологии, технологии-нано...

Если вдруг кто не слушал замечательную песню "НАНО" хулиганской группы "Корейские LEDчики", то рекомендую найти и послушать, это совсем нетрудно. Только не надо слушать на работе, если нет наушников. В общем, после этой песни глумиться над термином "нанотехнологии" уже смысла нет, так что я лучше наоборот, напишу что-нибудь положительное.

Использовать в своей работе хотя бы один термин с приставкой нано- сейчас стало почти так же важно, как в советское время цитировать Ленина. Это временами выглядит забавно. В одной лаборатории атомный силовой микроскоп переименовали в наноскоп. В другой меня попросили сделать такую модель пептида, чтобы размер структуры не превышал нанометра.

Научная мода всегда существовала и будет существовать. Еще лет десять назад было известно, что успешность заявки на грант в США зависит от наличия там одного из трех ключевых терминов: ВИЧ, биотерроризм, нанотехнологии. Авторы статьи "Spatially Addressable Multiprotein Nanoarrays Templated by Aptamer-Tagged DNA Nanoarchitectures" тоже, видимо, не просто так неравнодушны ко всему нано-. Тот же самый ВИЧ изучают по всему миру не только потому что это нужно, но и потому, что это модно. Там, где нет возможности работать с человеческим вирусом (для этого требуется соблюдать массу предосторожностей и в общем это дорого), занимаются вирусом иммунодефицита какого-нибудь другого организма.

Но само существование подобной моды не особо влияет на развитие науки. Подогнать свою работу под существующие основные направления обычно не труднее, чем правильно оформить все формальности в заявке на грант. "Нанотехнологии" - это хороший термин, который покрывает практически все что угодно. Любая химия, молекулярная и клеточная биология, физика полупроводников уже являются "нано". К медицине и многим другим областям это тоже нетрудно притянуть. Хуже всего, наверное, тем, кто занимается физикой элементарных частиц: ускорители слишком большие, а частицы слишком маленькие. Но я не сомневаюсь, что при необходимости и они что-то придумают.

Говорят, что под лозунгом "нанотехнологии" будет украдено потрачено нецелевым образом много денег. Но практика показывает, что для этого, в общем, и никаких лозунгов не надо.

Читать далее

понедельник, 5 июля 2010 г.

Не бойтесь текстовых интерфейсов



Интерфейс, как известно, бывает графический или текстовый. В графическом картинки, меню, все можно сделать мышкой. Он красивый, интуитивно понятный и приятный. В текстовом унылые одноцветные буковки и без инструкции не разобраться. Отсутствие в какой-то программе графического интерфейса часто воспринимается как непреодолимый недостаток, исключающий программу из круга тех, которые можно рассматривать. Необходимость для каких-то действий обращаться к командной строке для многих делает эти действия невозможными.

Когда мы делаем что-то в хорошо продуманном графическом интерфейсе, это для нас просто и естественно. Так же просто, например, закрыть окно. Надо просто подойти к окну и закрыть его. Человек обычно справляется с этим, даже если он видит конкретное окно первый раз, так как имеет большой опыт закрывания окон. Иногда встречаются некоторые особенности окон - защелка не с той стороны, шарниры слишком тугие, но в целом проблем нет, это просто и быстро. Если нам надо закрыть окно в соседней комнате, придется встать и пойти туда. Если во всем здании - это, конечно, потребует заметных усилий, но все равно будет сделано.

В текстовом интерфейсе мы не закрываем окно сами, а просим: "окно, закройся". При этом закрыть окно в другой комнате или во всем здании почти так же просто. Проблема только в том, что говорить это приходится не на естественном языке, а на том, который для всех нас является иностранным, поэтому требует некоторого времени для изучения. Некоторым он может показаться настоящей китайской грамотой. И, в целом, если закрывать окно приходится всего пару раз в год, нет смысла тратить время на освоения языка окон. Но если работа с множеством различных окон является одной из основных задач, то делать ее вручную - глупо, придется выполнять много утомительных и однообразных действий. Поначалу, конечно, не все будет получаться - вместо окна может почему-то закрыться дверь, какие-то окна обидятся на то, что им не сказали "пожалуйста", но самое главное - не бойтесь, от ваших экспериментов здание не рухнет.

Или вот такая аналогия. Приехав в страну с незнакомым языком, можно общаться жестами и просто показывать на то, что нужно. Во всех туристических местах магазины и кафе снабжены удобным интерфейсом для иностранцев. Для двухнедельного отпуска этого вполне достаточно. Но если в стране хочется остаться, язык изучать надо. Это позволит жить более комфортно, интересно и экономно по сравнению с теми, кто продолжает тыкать пальцем.

Изучайте python. Если вы знаете python, вас поймут многие хорошие программы для бионформатики и не только. И он гораздо проще китайского языка. Я проверяла.

Читать далее