Как сделать красивую черно-белую картинку белка

Белковые структуры в pdb-veiwer'ах очень красивы. Их пестрота и разноцветие не только производят впечатление, но и, как ни странно, являются проблемой. Во многих журналах надо доплачивать за публикацию цветной иллюстрации, а иногда это вообще невозможно. При печати отчетов, постеров или чего-то для себя тоже не всегда есть возможность получить качественную цветную картинку, особенно на черном фоне. К счастью, если поставить себе программу PyMOL, то в ней можно делать отличные черно-белые иллюстрации.


Сама программа PyMOL поначалу может произвести неприятное впечатление. Внятной документации к ней (при использовании бесплатной версии) нет, почти все действия надо вводить с командной строки, могут быть проблемы при установке. Но это лучшая из бесплатных программ для подготовки качественных картинок, у нее много возможностей, и они стоят того, чтобы мириться с ее особенностями.

Итак, для начала надо скачать и поставить PyMOL. Затем открыть там файл с нужной структурой в формате PDB. С помощью мышки можно манипулировать структурой, поворачивать ее, двигать - все, как в других программах. Чтобы сделать симпатичную картинку, для начала надо ввести следующие команды:

bg_color white
hide all
show cartoon
set ray_shadow, 0
set ray_trace_mode,2


Мы сейчас сделали белый фон, убрали все лишнее, показали вторичную структуру, убрали тени и включили специальный режим рендеринга, который оставляет на картинке только контуры.

Теперь надо ввести команду для подготовки картинки с указанием желаемого размера в пикселях:

ray 800, 800


Надо будет немного подождать, и в результате появится нечто похожее на это:


Если то, что получилось, вам понравилось, то надо сохранить картинку:


png kartinka.png


То, что расположено на переднем плане, обводится более жирными линиями, чем "глубже" участок белка, тем более тонкой линией он обводится, и может даже совсем исчезнуть. В зависимости от того, что вам нужно, поэкспериментируйте с величиной параметра ray_trace_fog. Чтобы совсем отключить этот эффект, параметр надо приравнять к нулю:

set ray_trace_fog, 0


Обычно оптимальное изображение получается при значениях чуть меньше единицы.
Если разрешение картинки, заданное в параметрах ray, оказалось слишком маленьким, то линии сольются и будут некрасиво выглядеть, примерно вот так:


Если это произошло, надо просто переделать с увеличенным разрешением, а размер картинки потом при необходимости уменьшить в графическом редакторе.

Еще один интересный режим, который стоит попробовать:

set ray_trace_mode,1

Он добавляет контуры, при этом оставляет цвета. Это особенно полезно, когда неясно, какой именно цвет фона выбрать для лучшей контрастности. Также такую картинку можно перевести в оттенки серого.