PyMOL и python, часть II

Все-таки это безобразие - так долго не писать в блог. Постараюсь больше так не делать, и для начала продолжу рассказывать о таких приятных и полезных вещах, как PyMOL и python.

Я уже писала о том, как вызывать PyMOL из собственной программы на python, а сейчас - наоборот, как программу на python сделать функцией PyMOL. Надеюсь, вы уже смирились с тем, что самое интересное в PyMOL доступно через командную строку, и это вас не пугает.

Так как почти наверняка мы будем использовать в программе какие-то функции PyMOL, в скрипте под названием например myscript.py надо написать вот это:

from pymol import cmd

Дальше описываем функцию, которую хотим выполнять - для примера пусть это будет измерение доступной поверхности остатков 35-49 цепи A заданного файла:

def surf35_49(fname):
    cmd.load(fname)
    cmd.select("sel1","chain A and resi 35-49")
    area = cmd.get_area("sel1")
    print fname, area

И осталось определить новую команду PyMOL (пусть она будет называться также surf35_49) и привязать к ней эту функцию:

cmd.extend('surf35_49',surf35_49)

Все, теперь файл muscript.py готов. В одном файле, кстати, может быть описано несколько функций. Чтобы они стали доступны в PyMOL, надо ввести вот эту команду:

run myscript.py

Иногда по довольно загадочным причинам (загадочным для меня, так как я не очень в это вникала) это не работает, а

spawn myscript.py

- работает.

После этого скрипт загружен в PyMOL, и для того чтобы применить нашу функцию к файлу file1.pdb достаточно в командной строке PyMOL ввести

surf35_49 file1.pdb

Вот по этому адресу можно посмотреть всякие полезные примеры скриптов: http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/.